农科院茶叶所团队开发出首款茶树高密度SNP芯片
近日，中国农业科学院茶叶研究所茶树遗传育种团队基于‘龙井43’基因组参考序列和茶树重测序数据，开发出一款200K茶树SNP芯片。
该芯片是首款茶树高密度SNP芯片，以‘龙井43’（♀）和‘白毫早’（♂）F1群体为材料，该芯片能够将18226个SNP位点绘入图谱，获得5325个bin-marker，连锁图谱总长度为2107.01cM，相邻标记平均遗传图距为0.39cM，构建了目前遗传密度最高的连锁图谱。
实验验证表明，该芯片可以有效定位关键QTL位点，发掘茶树重要功能基因。利用其对不同茶树品种的SNP分型研究，发现茶树大叶种和小叶种之间的两个强选择位点，这为揭示茶树品质调控关键基因和两个变种间的进化关系有重要意义。
相关论文以“Development of a genome-wide 200K SNP array and its application for high-density genetic mapping and origin analysis of Camellia sinensis”为题，发表在植物学领域顶尖期刊Plant Biotechnology Journal杂志上。
中国农业科学院茶叶研究所为该论文第一完成单位，韦康研究员、王新超研究员等为共同第一作者，成浩研究员、王丽鸳研究员为共同通讯作者。丽水市农林科学研究院、云南省农业科学院茶叶研究所等单位也参加本研究。本研究得到了国家重点研发项目、院创新工程、国家自然科学基金和浙江省农业新品种重大选育专项等项目的支持。
原文链接：https://doi.org/10.1111/PBI.13761
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