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茶树EST-SSRs分布特征及引物开发
2021-02-21 10:55:31热度:202°C
为了在
茶树中开发EST-SSRs功能性标记，利用生物信息学方法对NCBI网上公开的3288奈茶树（Camellia subebsus）ESTs序列进行EST-SSRs特征分析。剔除冗余序列，得到非冗余序列2083条。在非冗余序列中发现含不同重复基元SSRs的EST序列有385条，共486个EST-SSRs，平均相隔2．10kb出现1个SSR。在2～6bp的重复基元中，二核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高（51．97％），其次是三核苷酸（19．55％）。对所有的重复基元类型进行统计分析发现，所占比例最高的是AG／CT（47．74％），其次分别是AT／TA（4．73％）和AAG／CTT（4．73％）。利用Prime5软件，设计了206对EST-SSRs引物，随机选用72对引物进行SSR扩增，发现31对引物可以扩增出条带，其中29对引物具有多态性，多态性比率为93．5％。这些EST-SSRs将有助于茶树基因组学方面的研究。
完成机构：[1]中国农业科学院茶叶研究所／国家茶树改良中心,杭州310008 [2]南京农业大学,南京210095
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